生物肥料中氮磷的配比更加科学，既能发挥肥料和水的作用，又能促进底泥中氮磷向水体的释放。生物肥添加的有机肥改变了传统的畜禽粪便直接添加到天然有机肥源中，分解过程中无细菌感染，耗氧量低。
在正常条件下，施肥效果可以持续7天左右。施肥的水色由黄绿色到黄褐色，主要由硅藻、裸藻、隐藻、绿藻、轮虫等饵料价值高的浮游生物组成，与传统施肥有明显区别。
其中所含的微量元素不仅可以直接被水生生物利用，还可以与水体底部的一些有害物质结合起来，减轻其毒性，降低其毒性。同时在肥料中加入特殊物质，具有较强的吸附沉淀作用，能减少水体中的悬浮物和分解底质中的有害物质。
因此，应将不溶性泥浆倒入水中，以免影响施肥效果。生物肥料能促进水生植物的光合作用，丰富水中的溶解氧，对调节水质、改善底质也有很好的效果。可以促进水体生产力与环境的科学和谐统一。
