从开始的根瘤菌菌剂到细菌肥料，再到如今的生物肥料，这一名称的演变说明了我国生物肥料的逐步发展过程。目前，我国生物肥料的生产已不能与同期化肥的产量和消费量相比，但已开始在农业生产中发挥作用，并取得了一定的经济效益和社会效益。
随着研究和应用的发展，生物肥料新品种的开发也应不断扩大。将由单一菌株转变为复合菌株。在这一转化过程中，一是既要追求营养元素供给水平的提高，又要追求抗病、避虫等多种功能，增强作物抗病能力，减少化学农药的使用。
我们可以在原有的基础上进一步提高部分或多个菌株的性能，使复杂或组合菌株发挥互惠、协调、共生、强化和同一的作用，消除相互对抗的发生。还要延长微生物在土壤中的存活时间，存活时间越长，生物肥料的比效期越长。
微生物在土壤中的存活时间主要取决于土壤中的有效碳源水平。在生物肥料中添加一株能分解土壤中碳化合物的菌株，可以不断补充其他微生物碳源的营养，延长微生物在土壤中的存活时间。
